1、技术上还不成熟。琼州海峡平均宽度30公里，最窄处仅有19.4公里，选择的中线方案为公路隧道+铁路隧道+服务隧道模式，22公里的距离并不长，但因为工程位于雷琼地震带上，地质状况复杂，并且水深、风大、浪高，难度高风险大，远远超过港珠澳大桥，其中最大的技术难题是通风问题，要保证良好的通风，就必须隔段距离就要设置通风井，投资巨大，安全隐患多，关键是目前我国在如此长度的隧道通风技术领域还不成熟，一旦发生地质灾害和突发事故，救援难度太大。
2、保护海南岛的原生态。海南是中国唯一的热带岛屿省份，热带雨林的原生地，拥有全国最好的生态环境，被誉为中国的第一生态省，如果琼州海峡通了海底隧道，会有更多的人涌入，将大大超过海南岛的环境承载力，道路拥挤不堪，沙滩人满为患，海水不再湛蓝清澈，生态环境将遭到破坏，正因为海峡的天然阻隔为海南岛赢得了生态修复的空间和时间。
3、海南是高端度假胜地和国际旅游岛，不是单纯的养老基地。海南岛不仅冬天气候宜人，而且没有工业污染，空气质量全国第一，负离子含量高达每立方厘米10000个，是全国著名的长寿之乡，长寿指数排行第一，正因为如此，也加速了北方的“候鸟”一批又一批的向海南岛迁徙，各种基建大上快上，到处都是养老人群，如果交通便利、门户大开，会变成一个低端的养老岛，这势必将影响国际旅游岛的想象。
4、有人说海南太穷，修不起。琼州海峡隧道可以说是一个世纪工程，工程成本高昂，十多年前的工程预算费用就1500多亿，现在的预算起码超过2000亿，算上每年几十亿的利息，却是一个天文数字，广东不差钱但没积极性，而海南2023年全省GDP才7551亿元，也就相当于河北省会石家庄的体量，全省一年财政收入才八九百个亿，的确修不起如此大的工程。
5、利用率低下，投入产出比低。海南岛夏天炎热，一年旅游度假的季节性极强，夏天没什么人去，冬天才是黄金旅游季，拥堵还主要集中在春节期间，平时都是空闲的轮船停在码头，所以即使是海峡隧道建了，利用率也不会太高，作为一个天字号的大工程，不能不算经济账，2022年的数据显示，琼州海峡每年摆渡游客1161万次，车辆366万辆，而海南轮渡公司海峡股份去年的毛利只有29个亿，2000亿元巨大的投资，想要回本是很困难的。
6、网友评论说，开通琼州海峡通道，海南人并不热情。原因是海峡通道打通了，更多的外地人涌入，会导致房价上涨，物价飞涨，到处人满为患，影响他们的生活，但海南人的收入并不见得增长多少，还要承受随之而来的高消费，而且造成轮渡没有生意，港口大量人员失业，所以海南本地人对修跨海通道并不热情。
7、即使修了海峡跨海通道，谁敢说一定不会堵车？前面说过，海南岛旅游季节性极强，黄金季节就是冬天，拥堵主要集中在春节期间，如果海峡桥隧开通了，按照现在中国可预见的机动车数量，届时全国各地的车辆就会大量的涌入海峡隧道，相信其拥堵的情况绝对不会比现在轮渡好多少，如果到时候海峡通道还限制车辆进入，那有何意义？
8、最后一条，其实钱不是最重要的。很多人也许忘了，中国最不缺的就是钱，最厉害的就是基建，花钱多少是次要的，主要是要有修的理由，港珠澳大桥通了每天有多少俩车通行？不会是修好了才知道利用率低吧，海南岛既无特殊资源又无不可替代的区位优势，发展轮渡恰到好处，即限制了人流物流，又保持了一份原生态，这也是一种平衡。
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